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東莞理工學院生態環境工程技術研發中心、材料科學與工程學院各獲批9項，生態環境與建筑工程學院獲批7項，機械工程學院獲批6項，電子工程與智能化學院、計算機科學與技術學院各獲批4項，化學工程與能源技術學院獲批3項，網絡空間安全學院獲批1項。

國家自然科學基金聚焦基礎、前沿、人才，注重創新團隊和學科交叉，為全面培育我國源頭創新能力作出了重要貢獻，成為我國支持基礎研究的主渠道。近年來，學校在推動基礎研究能力提升上不斷探索創新，去年下半年以來，科技處組織開展2021年度國家自然科學基金項目申報籌備，通過項目申報重點對象摸底、申報動員謀劃、申報輔導精準服務等，有力推動各方參與、資源投入，強力保障國家自然科學基金項目申報工作，推動學校基礎研究經驗不斷積累，基礎研發水平穩步提升，為學校新型高水平理工科大學示范校建設貢獻力量。

學校積極開展科技創新工作，構建服務產業發展的科技創新體系。近3年，承擔了國家科技部重點研發計劃項目、課題、國家自然科學基金項目等各級各類科研項目1381項，科研總經費14億多元，在工業廢水電催化氧化深度處理裝備及應用、電鍍廢水處理技術及設備、光固化成型方法、半導體照明產品質量檢測等領域突破系列關鍵技術。學校先后以主要完成單位獲得國家技術發明獎二等獎、教育部技術發明獎一等獎、環境保護科學技術獎二等獎、廣東省科學技術獎特等獎、廣東省專利金獎等系列國家級、省部級及市廳級科技獎勵。

有力支撐中國散裂中子源建設，與中國科學院高能物理研究所共建4個聯合實驗室，由東莞理工學院主導投入，與中國散裂中子源、香港城市大學合作建設的多物理譜儀（東莞理工譜儀）今年1月成功出束，并在8月通過驗收，是東莞理工學院服務國家重大戰略需求的里程碑。2020年度被評為國家知識產權試點示范高校。建有廣東省重點實驗室等各類省級科研平臺26個，東莞市重點實驗室等市級科研平臺38個。組建高水平學科科研重點團隊11支、一般團隊20支、青年團隊15支。